3/16追記

なんと、Tomcat 4.1.30では上記の挙動が4.1.28以前と同じように再修正されている模様。つまりHTTP-GETに対してsetCharacterEncoding()以外の特別な処理が不要です。これからチェックします。勘弁してくれよまったく。

3月16日の日記に続報を書きました。そちらを参照して下さい。